人類が怪獣との長い戦いの末に、平和を獲得した時代。

怪獣の魂を宿す少女たち、通称「怪獣娘」

彼女たちは成長するにつれ怪獣としての記憶が蘇り、

怪獣に変身できるようになるのだが、その力は不安定で暴走しやすい。

アギラ、ミクラス、ウィンダムの3人は、怪獣娘のための特別組織・GIRLS所属

のエージェントとなるべく訓練を行うこととなったのだが……

正直、3人娘は今の状況をなーんもわかってないのである。